Beekdalen
Door het gebied lopen de beekstelsels van het Peizerdiep en het Eelderdiep. Veel van de bovenloopjes van deze beken liggen ook in het deelgebied, zodat de complete gradiënt van bovenloop via middenloop tot en met benedenloop aanwezig is. Dit vergroot de soortenrijkdom van het gebied. Door de intensivering van de landbouw is in de afgelopen eeuw echter veel van de rijkdom aan plantensoorten van de beekdalen verloren gegaan. Goed ontwikkelde beekdalvegetaties komen alleen nog voor in enkele oude natuurreservaten, zoals de Hazematen, Broeklanden de Hondstong. In de natte, kwelrijke hooilanden van de Hazematen vallen in het voorjaar de vele rozige bloeiaren van Adderwortel van verre op. Het is de enige plek in Drenthe waar deze duizendknoopsoort van nature voorkomt. Vleeskleurige orchis, Ronde zegge en Waterdrieblad komen hier ook voor. In Broekland liggen nog enkele stukjes blauwgrasland met fijnproevers als Spaanse ruiter en Blauwe knoop. Na uitvoeren van natuurherstelmaatregelen in de Hondstong, begin van deze eeuw, verschenen massaal Dwergvlas, Kleine en Ronde zonnedauw en andere pioniers in de afgegraven percelen langs deze bovenloop van het Eelderdiep.
In beide beeksystemen komt plaatselijk kwel tot aan het maaiveld. Behalve in de genoemde reservaten komen daarbuiten in en langs sloten nog plantensoorten voor die kenmerkend zijn voor dergelijke situaties, zoals Grote boterbloem, Holpijp en Gewone dotterbloem. Recent zijn projecten uitgevoerd voor verbetering van de waterkwaliteit en herstel van natuurlijke beeklopen, zoals in de Roeghoorn langs het Oostervoortsche Diep. Dit kan de natuurwaarden ten goede komen.
Ten noorden van Peize versmelten de beekdalen van Peizer- en Eelderdiep tot één groot open veenweidegebied. Een groot deel hiervan is, samen met de oeverlanden van het Leekstermeer, recent ingericht voor natuur en waterberging: de Onlanden. Graslanden met weidevogels maken hier plaats voor struweel, moeras en moerasbos met moeras- en watervogels. Er liggen relicten van de vroegere schraallanden met zeldzame plantensoorten als Brede orchis, Grote boterbloem en Paardenhaarzegge. Zowel door de gewijzigde hydrologische situatie als door veranderd beheer dreigen deze kleinoden van de Drentse flora echter verloren te gaan. Voor Krabbenscheer en Groene glazenmaker zal dankzij speciale maatregelen ruimte blijven in het gebied.
Het Leekstermeer met oeverlanden en omliggende graslanden is, onder meer vanwege de betekenis voor ganzen en moerasvogels, aangewezen als Natura 2000-gebied.
Het Elsburger Onland, het Friesche Veen en de randen van het Paterswoldse Meer zijn door vervening ontstane natuurgebieden met open water, moeras en moerasbos, die rijk zijn aan moerasplanten en -vogels. Bijzonder is het voorkomen van Galigaan in het Elsburger Onland, de enige groeiplaats in Drenthe. In het Friesche Veen hebben zich eind vorige eeuw Aalscholvers gevestigd. De witbekalkte staketsels van de afgestorven nestbomen markeren ook buiten het broedseizoen de plek van de kolonie. Kleine bonte specht, Rietzanger en Blauwborst hebben zich hier ook een plek verworven. Polder Lappenvoort is ingericht als waterbergingsgebied, waarmee ook de kansen voor natuur zijn verbeterd. De verwachting is dat kwelafhankelijke moeras- en waterplanten zich kunnen gaan uitbreiden.
Bevers hebben hun weg gevonden naar deze moerasrijke gebieden en lijken zich hier permanent te gaan vestigen. De verwachting is dat ook in de Onlanden beverburchten zullen verschijnen. Ook de Otter is afgelopen tijd al hier en daar weer gesignaleerd en gaat zich vermoedelijk als een vaste bewoner van het gebied hervestigen.